Die Klöster trieben die Kryptographie in Europa stark voran. Es wurden neben der monoalphabetischen Chiffrierung auch die Codierung verwendet und Nomenklatoren entwickelt, mit denen man einzelne Buchstaben aber auch ganze Worte ersetzte. Jeder entwickelte und verwendete seinen eigenen Nomenklator. Bis in das 19. Jahrhundert hinein waren diese Nomenklatoren die gebräuchlichsten Verschlüsselungsverfahren.
Dennoch gelang es in vielen Fällen mittels kluger Köpfe und Häufigkeitsanalyse diese zu entschlüsseln. Das Beispiel der Maria Stuart machte in dieser Zeit deutlich, dass einfache Verschlüsselung folgenschwerer sein kann als gar keine, denn sie wäre sicherlich in ihren Briefen diskreter gewesen. Es musste also eine neue Verschlüsselungstechnik her.