Das Wort Kryptographie stammt ebenfalls aus dem Griechischen: kryptos = verbergen; graphein = schreiben.
Im Gegensatz zur Steganographie wird nicht die Existenz der Nachricht, sondern ihr Sinn verborgen. Dabei wird ein Verfahren angewandt, welches man als Verschlüsselung oder Chiffrierung bezeichnet. Zunächst müssen sich der Absender und der Empfänger der Mitteilungen auf ein konkrete Form der Verschlüsselung einigen. Der Sender benutzt dieses "Geheimschriftverfahren", um die Nachricht unverständlich zu machen. Der Empfänger braucht dann nur dieses Verfahren umzukehren und kann die komplette Nachricht lesen.
Der Vorteil dieser Methode liegt darin, dass die verschlüsselte Nachricht offen übermittelt werden kann. Wird sie abgefangen, dann sollte es schwierig sein, daraus den Originaltext zu ermitteln.
Allerdings sei hier schon vorweggenommen, dass es in den kommenden Jahrhunderten zu einem regelrechten Kampf zwischen Ver- bzw. Entschlüsslern kommt. Die Entwicklung eines neuen Verschlüsselungsverfahrens beantworteten die Kryptanalytiker mit der Entwicklung von Methoden zum Knacken der geheimen Nachrichten.
Die Kryptographie und die Steganographie sind zwei komplett unterschiedliche Disziplinen. Man kann sie jedoch koppeln, um ein "Höchstmaß" an Sicherheit zu erhalten. Die Kryptographie ist dabei die stärkere Methode und bekam auch in den folgenden Jahrhunderten mehr Aufmerksamkeit geschenkt.