Das wohl schwierigste Netz war das Netz der Marine, da man bei der Marine eine kompliziertere Enigma verwendete. Diese hatte statt der üblichen fünf Walzen acht Walzen zur Verfügung. Auch der Reflektor war nicht fixiert, wodurch noch einmal die Anzahl der möglichen Verschlüsselungen um den Faktor 26 erhöht wurde. Die Marine verwendete auch keine stereotypen Texte, wodurch die Bildung von Cribs unmöglich wurde.
Somit war der Funkverkehr der Marine für eine Entschlüsselung abgeschottet. Durch die Nicht-Entschlüsselung der Nachrichten gewannen die Deutschen immer mehr die Oberhand in der Atlantikschlacht. Hinzu kam noch eine wirkungsvolle Strategie, die die Deutschen anwandten. Sie griffen alliierte Schiffe nur im Rudel an, also mit mehreren U-Booten. Um diese Taktik zu gewährleisten, musste der Funkverkehr sicher sein. Durch diese Taktik gewannen die Deutschen immer mehr die Oberhand im Atlantik und es wurden im Zeitraum von Juni 1940 bis Juni 1941 pro Monat durchschnittlich 50 Schiffe der Alliierten versenkt. Durch die starken Verluste sah man die Gefahr, dass man mit dem Bau von neuen Schiffen nicht mehr nachkam und der Nachschub abgeschnitten wäre.
Deshalb mussten die Engländer sich Methoden und Mittel ausdenken, um den Funkverkehr der Deutschen zu entschlüsseln. Man versuchte nun die Schlüssel zu stehlen. Dies gelang auch bei einem wagemutigen Überfall auf ein U-Boot, wo man ein Schlüsselbuch der Deutschen erbeuten konnte. Nun konnten die Nachrichten entschlüsselt und die Positionen der U-Boote herausgefunden werden. Durch diesen Vorteil begann sich die Atlantikschlacht zugunsten der Alliierten zu wenden. Aber man musste mit den gewonnenen Informationen vorsichtig umgehen, denn die Deutschen durften nicht erfahren, dass die Engländer die Schlüsselbücher besaßen. Die Deutschen hätten dann eventuell neue Schlüssel herausgegeben oder die Enigma verbessert.
Deshalb wurden Vorsichtsmaßnahmen ergriffen und die Alliierten versenkten zum Beispiel Schiffe nach der Erbeutung der Schlüsselbücher. Die Positionen der U-Boote wurden auch nicht sofort genutzt und man griff beispielsweise erst an, wenn ein Spähflugzeug ausgeflogen war oder man fabrizierte Meldungen über U-Boot-Sichtungen. Trotzdem kam gelegentlich bei den Deutschen der Verdacht auf und Admiral Kurt Fricke leitete eine Untersuchung ein, ob die Briten die Enigma entschlüsselt hatten. Aber der Bericht kam nur zu dem Schluss, dass es entweder schlichtes Pech oder die Schuld eines Spions war. Die Entschlüsselung der Enigma hielt man für unmöglich und undenkbar.
Es wurden aber nicht nur Meldungen der Deutschen, sondern auch Meldungen der Italiener und Japaner in Bletchley Park entschlüsselt. Das dabei gewonnene Aufklärungsmaterial bekam den Codenamen "Ultra" oder "Ultra-Akten". Diese trugen zu wichtigen und vielleicht entscheidenden Vorteilen für die Alliierten bei. Es wird behauptet, dass die von Bletchley entscheidend für den Sieg der Alliierten waren. Sicher ist man sich nur in dem Punkt, dass der Krieg auf diese Weise verkürzt wurde. Denn ohne die Entschlüsselung des Marinecodes hätte man wahrscheinlich wichtige Nachschübe verloren. Der Historiker David Kahn schrieb, dass durch die Leistungen der Codebrecher von Bletchley viele Menschenleben auf beiden Seiten gerettet wurden.