So wurde eine Verschlüsselung gesucht, die schwerer zu knacken war als die monoalphabetische, aber einfacher in der Handhabung als die polyalphabetische Verschlüsselung. Dabei kam man auf die homophone Verschlüsselung. Hier wird jeder Buchstabe durch mehrere Stellvertreter ersetzt, wobei die Zahl der Stellvertreter im Verhältnis zur Häufigkeit der Buchstaben steht.
So macht zum Beispiel der Buchstabe s sieben Prozent aller deutschen Buchstaben im Alphabet aus und hat damit auch sieben Vertreter im Geheimcode. Jedesmal, wenn das s im Klartext auftaucht, wird es im Geheimtext durch eines der sieben Symbole ersetzt. Wenn allerdings der Buchstabe z codiert werden soll, so wird er nur durch eine Zahl ersetzt, weil der Buchstabe z nur knapp ein Prozent aller Buchstaben ausmacht. Alle zweistelligen Zahlen für den Klartextbuchstaben e stehen für den gleichen Laut im Geheimtext; deshalb der Name homophone Verschlüsselung, von griechisch homos - gleich und phone - Klang.
| a | b | c | d | e | f | g | h | i | j | k | l | m | n | o | p | q | r | s | t | u | v | w | x | y | z |
| 09 12 33 47 53 67 |
78 92 |
48 81 |
13 41 62 01 03 |
45 79 14 16 24 44 46 55 57 64 74 82 87 98 10 31 06 |
25 23 |
39 50 56 |
65 68 32 70 73 |
83 88 93 15 04 26 37 58 |
51 | 84 | 22 27 18 |
58 59 |
71 91 00 05 07 54 71 90 99 38 |
95 94 |
29 | 35 | 40 42 77 80 11 19 36 |
76 86 96 17 20 30 43 |
49 69 75 85 97 08 |
61 63 34 60 |
89 | 28 | 21 | 52 | 66 |
Da den häufigsten Buchstaben mehrere Stellvertreter zugeordnet werden, sind alle Zahlen etwa gleich oft im Geheimtext vorhanden und die Häufigkeitsanalyse wird sinnlos. Allerdings findet man immer ein paar unscheinbare Spuren. Diese können von Kryptanalytikern sehr leicht aufgespürt werden. Ein gutes Beispiel ist der Buchstabe q, dem im deutschen stets das u folgt. Andere Buchstaben sind nicht so leicht zu knacken, doch sie verraten sich oft durch ihre Beziehungen untereinander. Zwar lässt sich diese Art der Verschlüsselung auch knacken, doch ist sie viel sicherer als die einfache monoalphabetische Codierung.
Die homophone Verschlüsselung ist eigentlich eine monoalphabetische Verschlüsselung, weil ein Klarbuchstabe zwar durch mehrere Symbole dargestellt werden kann, aber jedes Symbol nur einen Buchstaben darstellt.